National Geographic hat einen ausführlichen Artikel zum ökologischen Zustand deutscher Gewässer veröffentlicht. Die sensiblen Ökosysteme werden vor allem durch von Menschen verursachte Einflüsse aus dem Gleichgewicht gebracht. Hierzu zählen z.B. Eintragungswege von übermäßigen Nährstoffen aus der Landwirtschaft sowie Schadstoffen aus der Industrie. Doch auch die Begradigung, Befestigung, Bewehrung und Vertiefung von Flussläufen zur Nutzung als Wasserstraßen bringen Probleme mit sich. Zwar sind viele Flüsse heute deutlich sauberer als noch vor Jahrzehnten, doch bergen sie in den Sedimenten noch viele Altlasten, wie z.B. Quecksilber. Der Klimawandel nimmt ebenso Einfluss auf die Gewässer.
Viele Wissenschaftler äußern sich zu einzelnen Problemkreisen. Prof. Dr. Kay-Christian Emeis, Institutsleiter des Bereiches “Biogeochemie im Küstenmeer” weist z.B. auf Belastungen durch langlebige Schadstoffe, die in der Fertigung von Gebrauchsgegenständen eingesetzt werden sowie auf Rückstände von Medikamenten hin.